5月，為加快企業轉機建制，建立現代制度，泉州醫藥站擬改制為國有獨資的有限責任公司，公司名稱：福建省泉州市醫藥有限責任公司，以企業帳面凈資產剝離非經營性資產和不良資產后，剩余的經營性凈資產作為注冊資金，屬國有獨資公司，受市國資局委托，負責經營公司的國有資產，經市人民政府批準，改制為國有獨資有限公司。
同年，為貫徹落實醫藥商品質量管理規范，完善質量管理體系，成立質量管理組，制訂十七項醫藥商品質量管理制度，對經營各環節進行監督、檢查和考核，當年，通過省醫藥局《藥品質量管理規范》驗收，成為泉州市第一家通過“GSP”達標認證企業。
同年，我省開始實行全省性的藥品招標，并規定，一種藥品只能有一個投標人，由于招投標工作全部在福州操作，公司很難直接接受廠家的委托參加投標工作，導致部分藥品失去了原有市場，只能接受中標人的委托配送，賺取有限的3%-5%的配送費用，還要支付給中標人的中標服務費，同時中標藥品貨款回款期普遍延長到3個月以上，造成大量資金被醫療單位“合理”占用，增加了企業經營難度，藥價全面下降，銷售絕對額也跟著下降。

1999年

面對醫藥市場日益激烈的競爭，國有企業人浮于事，吃企業大鍋飯等弊端顯現出來，泉州醫藥站就人事制度和人員分流的問題作出決議，并準備延伸網點，同時和各縣（區、市）醫藥公司等11家國有醫藥商業企業擬注資本9000萬元，設立泉州醫藥股份有限公司，經多方努力，并投入不少的人力、財務和物力，最終因種種原因“流產”。

1998年

醫藥系統藥品折扣、讓利比率愈來愈高，全省平均折讓幅席達6%-8%，高的達10%-15%，折讓幅度過大，全省有14個省市醫藥商業全面虧損，省、市醫藥管理部門對制止藥品回扣規范購銷行為進行專項檢查，對醫療單位進藥招標的問題也引起醫藥主管部門的重視。

1997年

7月，市工商局、衛生局、醫藥局、市府糾風辦對藥品購銷中給予收受回扣等違法行為進行專項檢查，同時，對中藥材專業市場按《整頓中藥材專業市場標準》予以整頓。
9月，全省醫藥商業推行GSP工作研計會召開，根據國家局《開辦藥品經營（批發）企業GSP審查評定細則》，開辦藥品經營（批發）企業要按該細則進行驗收合格后，發放《合格證》，從形式和內容上都與原《合格證》驗收評分細則上有很大不同。

1996年

泉州醫藥站全年總銷售1.288億元，創企業十年來最佳實績，實現稅利519.59萬元，人均創稅利2.78萬元，居全省行業之首，取得優異的經濟效益和社會效益，藥品部經理葉幼珠被評為全國醫藥行業“先進女職工”稱號，榮獲全國醫藥行業優秀企業家殊榮的總經理莊金山晉京接受國家領導人的領獎，其先進業績也被載入《泉州勞?！肥穬?。
同年，經市工改辦、勞動局、財政局批準泉州醫藥站試行自主確定工資總額的辦法。
8月，經市府批準，組建泉州市醫藥管理局，按醫藥行業的性質和任務、按政事分開、政企分開的原則，并原則同意暫設綜合科，生產技術科、生產流通科，履行協調、服務、監督的職能，加強對醫藥市場的管理，組織協調有關部門查處和取締非法從事藥品生產經營活動，引導醫藥生產上規模、上檔次、上水平，促使我市醫藥市場健康有序地向前發展。
泉州市醫藥公司核發泉州藥品零售企業合格證，國有企業65家，集體企業28家，個體企業46家。

1995年

泉州醫藥站進行用工制度改革，在全體職工中推行崗位技能工資制，165名職工與企業簽訂“勞動合同書”。
同年，泉州醫藥站銷售額超億元，達到1.17億元，經中國醫藥商業協會評定為全國醫藥商業百強銷售大戶企業的前70名 ，福建省評估中心評列為全省第三產業綜合效益300家大企業的前37名，泉州市統計局統計中心排定為全市商業、外貿十強企業。泉州醫藥站總經理莊金山1991-1993年榮獲全國醫藥行業第二屆優秀企業家稱號，于1994年12月18日，由國家醫藥管理局、中國醫藥管理協會、中國醫藥企業家協會頒發榮譽證書。
10月，經市財委批準 “泉州市醫藥公司“改稱為”泉州市醫藥總公司“，加強全市醫藥市場管理協調工作，行使對醫藥行業管理職能。

1994年

隨著新會計制度的實施，引發內部分配機制改革，泉州醫藥站著手對企業的用工、定員進行測算，形成“企業全員勞動合同制”、“企業崗位技能工資制”方案，各部門的定崗、定員也基本完成。
經省批準立項的引進外資合辦“泉州醫藥中心”完成項目設計方案會審，并辦妥新征土地手續。

1993年

泉州市人民政府召開關于國營商業企業發展專題會議，市府就進一步深化改革搞好國合商業作出決定，成立泉州市直國合商業企業深化改革指導小組，泉州醫藥站按照“以市場調節為主，發展外向型經濟為主”的要求，把轉換經營機制落實到實處，同年經過論證、請示，決定創辦中外合資泉州醫藥貿易中心，經省計委、省外經委批準立項，列為全省20個大型重點商貿網點之一，也是全省唯一的引進進外資多種經營的重點項目。
2月，成立泉州醫藥站保健藥品經營部。
5月，泉州市醫藥公司舉辦第二屆泉州市振興中藥技術競賽。
9月，省醫藥管理局、省人事局授予泉州醫藥站1990-1991年度“全省醫藥系統先進集體“稱號。

1992年

泉州醫藥站在貫徹執行國務院關于開展“質量、品種、效益率”的活動中，面對競爭激烈，經營維艱的情況，轉換經營機制，采取商商聯營、工商聯營的策略。同時，開展對職工進行基本國情、基本路線的“雙基”教育，完成首輪四年承包任務。91年12月福建省人民政府辦公廳授予“第一輪承包先進企業”。
同年，泉州市醫藥公司行使整頓醫藥市場的管理職能，配合衛生、工商部門打擊、取締無證批發經營10余起，其中取締6家，責令停業整頓零售經營5家，拘留2人，外罰違法經營179起，罰沒款22萬元，同時，組織深入各鄉鎮，取締違法經營藥販。

1991年

1月，全市國營醫藥商業實行按商品銷售千分之三提取藥品專項儲備基金制度。
9月，泉州市人民政府調整充實泉州市治理整頓醫藥市場領導小組，泉州醫藥站總經理莊金山任副組長兼辦公室主任，繼續開展全市醫藥市場治理整頓工作。
同年，福建省人民政府授予泉州醫藥站“第一輪承包先進企業”稱號，省醫藥管理局授予泉州醫藥站先進單位稱號，總經理莊金山被評為省醫藥系統先進工作者。

1990年

福建省人民政府授予泉州醫藥站“安全先產先進單位”。福建省醫藥總公司授予泉州醫藥站“先進企業”，總經理莊金山被評為“福建省醫藥系統先進工作者”。

1989年

4月，泉州醫藥站創辦“泉州僑鄉藥行”。
5月，泉州醫藥站、南安制藥廠和香港華昌藥行合資創辦“泉州海峽藥業有限公司”。
9月，成立石獅市，11月原晉江縣石獅醫藥營業處改稱為石獅市醫藥公司。

1988年

5月，成立泉州市醫藥志編篡委員會，下設辦公室，開展修志工作。
全市醫藥工商企業與主管部門和各級財政部門分別簽訂為期四年的承包經營責任制和廠長（經理）任期目標責任制合同。按照“包死基數，確保上繳，超收多留，欠收自補”的原則，采取上繳稅利包干，超收按比例分成的承包經營方式。
同年，福建省人民政府授予泉州醫藥站“1987年度承包經營責任制先進企業”稱號。泉州醫藥站總經理莊金山被評為“福建省勞動模范”。
同年，市、縣（區）成立整頓醫藥市場領導小組，開展醫藥市場整頓工作。全市取締非法批發藥商34家，無證經營零售藥店23家，查處淘汰、過期、偽劣藥品238種。

1987年

1月，經國務院批準，撤銷晉江地區，泉州市改為地級市，實行市管縣行政體制。晉江地區醫藥分司改稱為泉州市醫藥公司，與泉州醫藥采購供應站全署辦公，兩塊牌子一套人員。原泉州市醫藥公司改稱鯉城區醫藥公司（又稱泉州市醫藥分公司）。市、縣（區）醫藥公司由商業局改為財貿委員會領導。
10月，國家醫藥管理局授予泉州醫藥站1985年“全國醫藥系統先進集體”稱號，出席全國醫藥系統首屆勞動模范先進集體代表大會。年末，福建省人民政府又授予泉州醫藥站“企業管理優秀單位”稱號。
同年，市、縣（區）成立中藥材資源普查領導小組及其辦公室，由59人組成9個普查隊，歷時年余，至1987年底完成全市中藥材資源普查工作，并通過省級驗收。

1986年

查處“晉江假藥案”，晉江縣陳埭鎮自1982年至1985年先后興辦359家制藥廠，生產各種沖劑10多萬箱，產值4000多萬元，銷往除本市醫藥系統以外的全國各地。1985年6月6日，《人民日報》公開披露真相后，中共中央紀律檢查委員會向中共晉江地委發出公開信，定為“晉江假藥案”，省、地、縣三級組織專案組查處有關人員。
8月10日，《人民日報》發表評論員文章“出污泥而不染”，贊揚晉江地區醫藥系統抵制晉江陳埭假藥。
同年，全市醫藥商業企業推行“統一管理，分類核算”，以承包為主的經營責任制，各企業設立中藥、西藥、器械經營部或批發部，獨立自主地開展各項業務活動。
12月，全區179名30年以上工齡的老藥工榮獲國家醫藥局頒發的老藥工榮譽證書。

1985年

成立大桐藥行，隸屬泉州醫藥站，專營對香港、臺灣民間醫藥貿易。
11月，泉州醫藥站舉辦首屆全國性僑鄉藥材交流會，有28個省、市、自治區醫藥代表參加。
同年，上級對全國醫藥商業企業整頓進行現場驗收，并由主管部門頒發《藥品生產企業合格證》。泉州醫藥站被評為全國醫藥系統企業整頓先進單位。

1984年

為適應市場需求，泉州醫藥站設立“新藥特藥商店”，批零兼營，自負盈虧。
同年，全區醫藥企業實行第一步利改稅，即“以稅代利，稅利并存”，在企業實行廠長（經理）負責制。

1983年

貫徹中共中央、國務院頒發的《關于國營工業企業進行全面整頓》的決定，全市藥廠實行全面整頓至1984年，由省醫藥整頓辦組織對全市工商企業進行驗收。
9月，衛生部決定淘汰127種藥品，本區淘汰藥品50多種，損失金額60多萬元，其中泉州醫藥站損失46.8萬元。
同年，全區醫藥商業開展“清倉利庫”處理有問題商品，泉州醫藥站處理273個品種，損失24.6萬元。
同年，對全區醫藥企從事西藥、中藥材料研制工作的同志評定專業技術職稱。

1982年

沿海各縣開展對臺灣民間貿易，僅惠安縣接待臺輪12艘，提供臺胞三七、當歸、黃芪、鹿茸等34個品種，重量23.39噸，價值42.3萬元。

1981年

地區醫藥分公司對產銷失調的大宗藥材進行計劃調整。原計劃耕地種植面積9580畝，減為4970畝，山地面積由6370畝，減為2480畝，一見喜、麥冬、生地等品種收購量大幅度調減，一見喜由1000噸調減為280噸，麥冬由1400噸調減為290噸。全年減少商品積壓和資金占用500萬。
同年，泉州醫藥站在溫陵北路興建五層營業大樓，建筑面積2500平方米，翌年8月建成交付使用。

1979年

地產藥材收購量猛增，泉州醫藥站中藥材調出額1716萬元，創歷史最高水平。

1978年

全區藥材生產創歷史最高記錄，藥材收購額達1193萬元，占全省收購總額的36.8%。

1977年

解放軍支地工作組進駐泉州醫藥站和第一、二制藥廠以及部分縣（市）醫藥公司開展“揭、批、查“江青反革命集團政治運動。

1976年

7月，泉州醫藥采購供應站正式營業，同時成立晉江地區醫藥分公司，實行兩個機構，一套班子，負責全地區四大類醫藥商品的采購、調撥和供應。

1971年

2月，晉江專署決定籌建晉江地區醫藥服務站（福建省泉州醫藥采購供應站），籌備組負責人何春山。

1970年